Tato sekce je zároveň přehledem zvláště chráněných území podle příslušných okresů. Obsahuje všechna tzv. "maloplošná" chráněná území, tedy i ta, která nejsou v kompetenci Jihočeského kraje. Některá ZCHÚ mohou být uvedena opakovaně. Důvodem je to, že jsou vymezena na území více okresů (např. Přírodní památka Lužnice).