Posuzování vlivů na životní prostředí upravuje zákon č. 100/2001 Sb., o posuzování vlivů na životní prostředí a o změně některých souvisejících zákonů (zákon o posuzování vlivů na životní prostředí), v platném znění (dále jen zákon) a vyhláškou MŽP č. 453/2017 Sb., o odborné způsobilosti a o úpravě některých dalších otázek souvisejících s posuzováním vlivů na životní prostředí.
V rámci procesu EIA jsou posuzovány záměry, tj. stavby, činnosti a technologie uvedené v příloze č. 1 zákona a záměry, které podle stanoviska orgánu ochrany přírody mohou samostatně nebo ve spojení s jinými významně ovlivnit předmět ochrany nebo celistvost evropsky významné lokality nebo ptačí oblasti (tzv. Natura 2000). U záměrů ve zvláště chráněném území nebo jeho ochranném pásmu stačí pro nutnost provedení zjišťovacího řízení dosažení alespoň 25 % příslušné limitní hodnoty uvedené v příloze č. 1 zákona (tzv. podlimitní záměry).
Celému procesu EIA podléhají záměry, které jsou uvedeny v příloze č. 1 k zákonu v kategorii I. U těchto záměrů probíhá celá EIA vždy povinně – jsou to například dálnice, jaderné elektrárny, zařízení pro primární tavbu litiny a oceli.
Druhou skupinu tvoří záměry vyjmenované v kategorii II uvedené přílohy, u kterých musí povinně proběhnout tzv. zjišťovací řízení. Účelem zjišťovacího řízení je rozhodnout, zda záměr bude podléhat posuzování vlivů na životní prostředí nebo ne. V případě, že úřad rozhodne, že se záměr dále posuzovat nebude, vydá o tom rozhodnutí.
Ten, kdo hodlá provést záměr (oznamovatel), je povinen předložit oznámení záměru (popř. dokumentaci záměru) příslušnému úřadu, kterým je Ministerstvo životního prostředí (sloupec MŽP v příloze č. 1 zákona) nebo orgán kraje v přenesené působnosti, v jehož územně správním obvodu je záměr navržen (sloupec KÚ v příloze č. 1 zákona). V Jihočeském kraji je tímto orgánem odbor životního prostředí, zemědělství a lesnictví, oddělení IPPC a EIA. Oznámení záměru je doporučeno nechat zpracovat autorizovanou osobou ve smyslu § 19 zákona (seznam autorizovaných osob), dokumentace záměru musí být zpracována autorizovanou osobou. Oznámení záměru spolu s informací o zahájení zjišťovacího řízení je zasláno dotčeným územně samosprávným celkům k zveřejnění a vyjádření a dotčeným správním orgánům k vyjádření. Zároveň je vše zveřejněno na úřední desce krajského úřadu a v Informačním systému EIA, aby se k záměru mohla vyjádřit veřejnost. Pokud příslušný úřad pravomocně rozhodl, že záměr nebude posuzován podle zákona, řízení EIA končí. V případě, že příslušný úřad vydal závěr zjišťovacího řízení, že záměr bude posuzován podle zákona, musí oznamovatel předložit dokumentaci záměru. Dokumentace záměru je zaslána dotčeným územně samosprávným celkům k zveřejnění a vyjádření a dotčeným správním orgánům k vyjádření. Zároveň je vše zveřejněno na úřední desce krajského úřadu a v Informačním systému EIA. Příslušný úřad pověří autorizovanou osobou zpracováním posudku a v případě, že obdrží odůvodněné, nesouhlasné vyjádření veřejnosti k dokumentaci záměru, nařídí veřejné projednání. Posudek příslušný úřad zveřejnění spolu se závazným stanoviskem.
Výsledkem celého procesu je vydání závazného stanoviska k posouzení vlivů provedení záměru na životní prostředí, které může být souhlasné nebo nesouhlasné. Bude-li stanovisko EIA nesouhlasné, není možné předmětný záměr v posuzované podobě povolit. V souhlasném stanovisku EIA úřad investorovi stanoví podmínky, které musí být dodrženy při fázi přípravy, výstavby a provozu záměru, případně podmínky pro fázi ukončení provozu záměru za účelem prevence, vyloučení, snížení, popřípadě kompenzace nepříznivých vlivů na životní prostředí.