Následující tabulka obsahuje všechna zvláště chráněná územi v okrese Prachatice seřazená podle názvu. Nejsou zde uvedena tzv. velkoplošná ZCHÚ (CHKO, NP).
Tučně jsou označena ZCHÚ v kompetenci JČK, kurzívou ZCHÚ mimo jeho kompetence.
V případě, že území není v kompetenci Jihočeského kraje, lze ve sloupci platnost prokliknout na příslušný orgán ochrany přírody.
Jednotlivé plány péče můžete zobrazit (stáhnout) kliknutím na datum platnosti v tabulce.

kategorie	název	platnost
přírodní rezervace (PR)	Amálino údolí	Správa NP a CHKO Šumava
národní přírodní památka (NPP)	Blanice	Správa NP a CHKO Šumava
přírodní památka (PP)	Blanice	1. 1. 2014 – 31. 12. 2024
přírodní památka (PP)	Borová Lada	Správa NP a CHKO Šumava
národní přírodní rezervace (NPR)	Boubínský prales	Správa NP a CHKO Šumava
přírodní památka (PP)	Buková slať	Správa NP a CHKO Šumava
přírodní rezervace (PR)	Čertova stráň	Správa NP a CHKO Šumava
přírodní památka (PP)	Čistá hora	1. 1. 2014 – 31. 12. 2024
přírodní rezervace (PR)	Dobročkovské hadce	Správa NP a CHKO Šumava
přírodní rezervace (PR)	Hadce u Dobročkova	platnost vypršela –  ARCHIV
přírodní památka (PP)	Háje	1. 1. 2014 – 31. 12. 2024
přírodní rezervace (PR)	Hliniště	Správa NP a CHKO Šumava
přírodní rezervace (PR)	Hornovltavické pastviny	Správa NP a CHKO Šumava
přírodní památka (PP)	Hrádeček	1. 1. 2011 – 31. 12. 2020
přírodní památka (PP)	Irů dvůr	1. 1. 2009 – 31. 12. 2018
přírodní památka (PP)	Jaroškov	1. 1. 2014 – 31. 12. 2024
přírodní památka (PP)	Jelení vrch	Správa NP a CHKO Šumava
přírodní památka (PP)	Jezerní luh	Správa NP a CHKO Šumava
přírodní památka (PP)	Jezerní slať	Správa NP a CHKO Šumava
přírodní památka (PP)	Jilmová skála	Správa NP a CHKO Šumava
přírodní památka (PP)	Kotlina Valné	Správa NP a CHKO Šumava
přírodní památka (PP)	Koubovský rybník	2018 - 2027   ARCHIV
přírodní rezervace (PR)	Kralovické louky	1. 1. 2014 – 31. 12. 2024
přírodní památka (PP)	Kvilda-Pod políčky	Správa NP a CHKO Šumava
přírodní rezervace (PR)	Libín	platnost vypršela –  ARCHIV
přírodní památka (PP)	Lipka	Správa NP a CHKO Šumava
přírodní rezervace (PR)	Lipka I.	Správa NP a CHKO Šumava
přírodní památka (PP)	Malá niva	Správa NP a CHKO Šumava
přírodní rezervace (PR)	Malá skála	Správa NP a CHKO Šumava
přírodní památka (PP)	Malý Polec	Správa NP a CHKO Šumava
přírodní památka (PP)	Mařský vrch	2018 - 2027
přírodní památka (PP)	Mastnice	platnost vypršela –  ARCHIV
přírodní rezervace (PR)	Milešický prales	Správa NP a CHKO Šumava
přírodní rezervace (PR)	Miletínky	2020 - 2029
přírodní rezervace (PR)	Na soutoku	Správa NP a CHKO Šumava
přírodní rezervace (PR)	Nad Zavírkou	1. 1. 2014 – 31. 12. 2024
přírodní rezervace (PR)	Najmanka	Správa NP a CHKO Šumava
přírodní rezervace (PR)	Niva Kořenského potoka	Správa NP a CHKO Šumava
přírodní památka (PP)	Obří zámek	Správa NP a CHKO Šumava
přírodní památka (PP)	Olšinka	Správa NP a CHKO Šumava
přírodní památka (PP)	Onšovice - Mlýny	1. 1. 2014 – 31. 12. 2024
přírodní rezervace (PR)	Opolenec	1. 1. 2014 – 31. 12. 2024
přírodní památka (PP)	Pančice-V řekách	2018 - 2027
přírodní památka (PP)	Pasecká slať	Správa NP a CHKO Šumava
přírodní rezervace (PR)	Pod Farským lesem	Správa NP a CHKO Šumava
přírodní památka (PP)	Pod Ostrohem	Správa NP a CHKO Šumava
přírodní památka (PP)	Pod Ostrou horou	2018 - 2027
přírodní rezervace (PR)	Pod Popelní horou	Správa NP a CHKO Šumava
přírodní památka (PP)	Pod Sviňovicemi	1. 1. 2012 – 31. 12. 2021
přírodní památka (PP)	Pod Šindlovem	Správa NP a CHKO Šumava
přírodní památka (PP)	Pod Vyhlídkou	2019 - 2028
přírodní památka (PP)	Pod Vyhlídkou II	1. 1. 2011 – 31. 12. 2020
přírodní památka (PP)	Podhájí	dosud nebyl zpracován
přírodní památka (PP)	Polední	2018 - 2027
přírodní památka (PP)	Polučí	2020 – 2029
přírodní památka (PP)	Poušť	Správa NP a CHKO Šumava
přírodní památka (PP)	Pramen Vltavy	Správa NP a CHKO Šumava
národní přírodní památka (NPP)	Prameniště Blanice	Správa NP a CHKO Šumava
přírodní rezervace (PR)	Pravětínská Lada	Správa NP a CHKO Šumava
přírodní rezervace (PR)	Ptačí stěna	Správa NP a CHKO Šumava
přírodní rezervace (PR)	Radost	Správa NP a CHKO Šumava
přírodní rezervace (PR)	Rašeliniště u Martinala	Správa NP a CHKO Šumava
přírodní rezervace (PR)	Saladínská olšina	Správa NP a CHKO Šumava
přírodní památka (PP)	Skalka	1. 1. 2010 – 31. 12. 2019
přírodní památka (PP)	Spálený luh	Správa NP a CHKO Šumava
přírodní památka (PP)	Splavské rašeliniště	Správa NP a CHKO Šumava
přírodní památka (PP)	Stádla	2018 -2027
přírodní památka (PP)	Stožec	Správa NP a CHKO Šumava
přírodní památka (PP)	Stožecká skála	Správa NP a CHKO Šumava
přírodní památka (PP)	Strážný - Pod Obecním lesem	Správa NP a CHKO Šumava
přírodní památka (PP)	Štěrbů louka	2018 - 2027
přírodní památka (PP)	Tetřevská slať	Správa NP a CHKO Šumava
přírodní památka (PP)	Tisy u Chrobol	2018 - 2027
přírodní památka (PP)	Trojmezná hora	Správa NP a CHKO Šumava
národní přírodní památka (NPP)	U Hajnice	Správa NP a CHKO Šumava
přírodní památka (PP)	U Narovců	1. 1. 2008 – 31. 12. 2017
přírodní památka (PP)	U Piláta	platnost vypršela –  ARCHIV
přírodní památka (PP)	U poustevníka	2018– 2027
přírodní památka (PP)	Úbislav	1. 1. 2014 – 31. 12. 2024
přírodní památka (PP)	Upolíny	1. 1. 2009 – 31. 12. 2018
přírodní památka (PP)	V polích	2018 - 2027
národní přírodní rezervace (NPR)	Velká Niva	Správa NP a CHKO Šumava
přírodní památka (PP)	Velký Karasín	Správa NP a CHKO Šumava
přírodní památka (PP)	Vltavské stráně	Správa NP a CHKO Šumava
přírodní památka (PP)	Vltavský luh	Správa NP a CHKO Šumava
přírodní památka (PP)	Vraniště	Správa NP a CHKO Šumava
přírodní památka (PP)	Vyšný - Křišťanov	Správa NP a CHKO Šumava
přírodní památka (PP)	Zábrdská skála	2018 - 2027
přírodní rezervace (PR)	Zátoňská hora	Správa NP a CHKO Šumava
přírodní rezervace (PR)	Zátoňská mokřina	Správa NP a CHKO Šumava
přírodní památka (PP)	Žďárecká slať	Správa NP a CHKO Šumava
přírodní památka (PP)	Žižkova skalka	1. 1. 2010 – 31. 12. 2019