| kategorie | název | platnost |
| přírodní rezervace (PR) | Blanko | 1. 1. 2009 – 31. 12. 2018 |
| přírodní památka (PP) | Branské doubí | AOPK RP Jižní Čechy |
| přírodní rezervace (PR) | Bukové kopce | AOPK RP Jižní Čechy |
| národní přírodní rezervace (NPR) | Červené blato | AOPK RP Jižní Čechy |
| přírodní památka (PP) | Dědek u Slavonic | 1. 1. 2009 – 31. 12. 2018 |
| přírodní rezervace (PR) | Dračice | AOPK RP Jižní Čechy |
| přírodní památka (PP) | Dubová stráň | 2019 - 2029 |
| přírodní rezervace (PR) | Fabián | 1. 1. 2014 – 31. 12. 2024 |
| přírodní památka (PP) | Gebhárecký rybník | 1. 1. 2019 – 31. 12. 2028 |
| přírodní rezervace (PR) | Hadí vrch | 1. 1. 2007 – 31. 12. 2016 |
| přírodní rezervace (PR) | Horní Lužnice | AOPK RP Jižní Čechy |
| přírodní rezervace (PR) | Hrádeček | 2021 - 2030 |
| přírodní památka (PP) | Jalovce u Kunžaku | 2019 - 2028 |
| přírodní památka (PP) | Jalovce u Valtínova | 2019 - 2028 |
| národní přírodní památka (NPP) | Kaproun | AOPK RP Jižní Čechy |
| přírodní rezervace (PR) | Krabonošská niva | 2022 - 2031 |
| přírodní památka (PP) | Králek | 1. 1. 2010 – 31. 12. 2019 |
| národní přírodní památka (NPP) | Krvavý a Kačležský rybník | AOPK RP Jižní Čechy |
| přírodní památka (PP) | Kysibl | 1. 1. 2015 – 31. 12. 2025 |
| přírodní památka (PP) | Lipina | 1. 1. 2017 – 31. 12. 2026 |
| přírodní rezervace (PR) | Losí blato u Mirochova | AOPK RP Jižní Čechy |
| přírodní památka (PP) | Malý Bukač | 1. 1. 2014 – 31. 12. 2024 |
| přírodní památka (PP) | Matenský rybník | 1. 1. 2021 – 1. 12. 2030 |
| přírodní památka (PP) | Moravská Dyje | 1. 1. 2014 – 31. 12. 2024 |
| přírodní rezervace (PR) | Mutenská obora | 1. 1. 2009 – 31. 12. 2018 |
| přírodní rezervace (PR) | Na Ivance | AOPK RP Jižní Čechy |
| přírodní rezervace (PR) | Olšina u Přeseky | AOPK RP Jižní Čechy |
| přírodní památka (PP) | Olšina u Volfířova | 2018 - 2027 |
| přírodní památka (PP) | Pazourův rybník | 1. 1. 2021 – 31. 12. 2030 |
| přírodní památka (PP) | Pískovna na cvičišti | 2019 -2028 |
| přírodní památka (PP) | Pískovna u Dračice | AOPK RP Jižní Čechy |
| přírodní rezervace (PR) | Rašeliniště Hovízna | AOPK RP Jižní Čechy |
| přírodní památka (PP) | Rašeliniště Klenová | 2019 - 2028 |
| přírodní památka (PP) | Rašeliniště Mosty | 1. 1. 2010 – 31. 12. 2019 |
| přírodní rezervace (PR) | Rašeliniště Pele | AOPK RP Jižní Čechy |
| přírodní památka (PP) | Rašeliniště Radlice | 2022 – 2031 |
| přírodní památka (PP) | Rašeliniště u Suchdola | 1. 1. 2007 – 31. 12. 2016 |
| přírodní rezervace (PR) | Rod | AOPK RP Jižní Čechy |
| přírodní rezervace (PR) | Ruda u Kojákovic | AOPK RP Jižní Čechy |
| přírodní památka (PP) | Luží u Lovětína | 1. 1. 2013 – 31. 12. 2022 |
| přírodní rezervace (PR) | Rybníky u Vitmanova | AOPK RP Jižní Čechy |
| přírodní rezervace (PR) | Skalák u Senotína | 2019 - 2028 |
| přírodní památka (PP) | Slepičí vršek | AOPK RP Jižní Čechy |
| přírodní památka (PP) | Soví les | AOPK RP Jižní Čechy |
| národní přírodní rezervace (NPR) | Stará a Nová řeka | AOPK RP Jižní Čechy |
| přírodní rezervace (PR) | Staré jezero | AOPK RP Jižní Čechy |
| přírodní památka (PP) | Stržená hráz | AOPK RP Jižní Čechy |
| přírodní rezervace (PR) | Široké blato | AOPK RP Jižní Čechy |
| přírodní památka (PP) | Toužínské stráně | 1. 1. 2008 – 31. 12. 2017 |
| národní přírodní rezervace (NPR) | Velký a Malý Tisý | AOPK RP Jižní Čechy |
| přírodní památka (PP) | Velký Troubný | 2019 - 2028 |
| národní přírodní památka (NPP) | Vizír | AOPK RP Jižní Čechy |
| přírodní rezervace (PR) | Výtopa Rožmberka | AOPK RP Jižní Čechy |
| přírodní rezervace (PR) | Záblatské louky | AOPK RP Jižní Čechy |
| přírodní památka (PP) | Žofina Huť | 1. 1. 2014 – 31. 12. 2024 |
| národní přírodní rezervace (NPR) | Žofinka | AOPK RP Jižní Čechy |